Primeiramente acesse o Painel Pterodactyl e em seguida acesse a aba "ARQUIVOS", siga os passos:
Pare o seu servidor se ele estiver online no momento. Isso impede que ele o servidor crie arquivos ou modifique os existentes.
Envie o seu mundo personalizado usando o FileZilla ou pelo próprio painel para o diretório principal.
O seu mapa terá que conter a pasta com o nome "world" para que o servidor reconheça o mapa que deve ser iniciado. Provavelmente, já haverá uma pasta com esse mesmo nome, pois o servidor cria um mundo quando é iniciado pela primeira vez. Portanto, apague essa pasta e envie o seu mapa.
Inicie o seu servidor para que o seu mundo possa ser carregado.
É isso mesmo! Agora você pode usar qualquer mapa no seu servidor.